SD Pius BU Gombong yang pada awalnya bernama Sekolah rakyat ( SR VI ) Bhakti Mulia milik Yayasan Bhakti Mulia ( SR VI Katolik ) pada mulanya sekolah ini milik keuskupan Purwokerto yang didirikan oleh almarhum Rm Putu Harjono MSC dan dibantu oleh seorang katekis Bp Kawit. Pada tanggal 15 Juni 1952 3 Suster ADM diutus untuk membuka rumah baru di Gombong yaitu Sr Romana yang menjadi pimpinan , Sr Philothea, dan Sr Hieronyma .Dengan hadir 3 orang Suster Sekolah Rakyat ( SR VI ) milik Yayasan diserahkan kepada Sr untuk dikelola dan Sr Hieronyma yang diserahi tugas mengelola sekolah tersebut yang terdiri dari rumah gedeg ( bilik bambu ) yang terletak di jalan Gajah nguling.(yang sekarang Panti paroki “ mandala )

Sekolah ini berdiri pada 19 Oktober 1949 hanya dengan 3 orang murid itupun langsung duduk dikelas 3.  Kemudian pada tanggal 1 Nopember 1949 mendapat murid 26 anak, sehingga jumlah murid menjadi 29 anak.

Tahun 1959 Yayasan (Suster) berhasil membeli rumah tua di jalan besar ( yang sekarang SMP Pius BU ) pada tahun ini pula resmi dengan nama SR VI Pius sesuai dengan SK No : Subs/Ke/PDK.20/1/12 tanggal 9 Januari 1959.
?SD Pius ( SR VI Pius ) mengalami 3 kali perpindahan  yaitu :

1. Rumah Induk ( RS Palang Biru ) sekarang Panti Paroki “ Mandala “
2. Seberang jalan ( sekarang RS Bersalin Palang Biru )
3. Jl. Yos Sudarso ( sekarang SMP Pius BU )

Kemudian tahun 1962 Yayasan berhasil membeli tanah yang cukup luas 3.000 m² yang terletak di jalan besar (   jalan Yos Sudarso No 377 yang sekarang SD Pius Bakti Utama  ).  Pada Tahun 1963 selesailah dibangun dengan 14 ruang kelas dengan demikian SD Pius menempati tempat yang baru.

 ( Sejak berdiri tahun 1949 sampai dengan tahun 1959 sekolah ini mengalami penambahan jumlah murid yang cukup banyak dengan tempat yang apa adanya, gedung tua, ruang belajar yang belum memenuhi syarat  dan berpindah-pindah dari seberang jalan ke seberang jalan lain. Namun dengan alat yang ala kadarnya hasil lulusan UMSLTP cukup memadai.)

Kemudian pada tahun 1964 berubah menjadi SD Pius sesuai data SK No. Subs/Kep/PDK.20/9/16, tanggal 16 Nopember 1964. Tanggal 1 Januari 1971 SD Pius Gombong dipecah menjadi 2 ( dua )  yaitu : 

1. ?SD Pius Gombong diganti menjadi SD Pius Bakti Utama
2. SD Swana Santa.

Sejak tahun ajaran 1980/1981 SD Pius Bakti Utama Gombong diganti menjadi SD Pius Bakti Utama I dan SD Swana Santa diganti menjadi SD Pius Bakti Utama II

Mulai Tahun ajaran 1998/1999 SD Pius Bakti Utama I dan SD Pius Bakti Utama II digabung menjadi satu dengan nama SD Pius Bakti Utama sampai sekarang.